法律分析：在股权转让协议纠纷中，如果协议双方当事人对于管辖人民有约定并且约定有效的，那么就可以适用其约定。但是如果协议双方当事人没有约定或者是约定不明确的，那么就只能适用民事诉讼法的规定，也就是让被告住所地或者合同履行地的人民进行管辖。被告住所地和经常居住地不一致的，让经常居住地的管辖。
法律依据：《中华人民共和国民事诉讼法》
第二十一条 对公民提起的民事诉讼，由被告住所地人民管辖；被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民管辖。对其他组织提起的民事诉讼，由被告住所地人民管辖。同一诉讼的几个被告住所地、经常居住地在两个以上人民辖区的，各该人民都有管辖权。
